Com a Constituição republicana de 1891, as questões de saúde se tornaram competência dos governos estaduais. Essa reforma permitiu que o Estado de São Paulo iniciasse, no ano seguinte, a implantação de um amplo sistema de saúde pública direcionado ao combate às doenças epidêmicas. No âmbito do novo sistema de saúde – então chamado de Serviço Sanitário de São Paulo –, surgiram diversos institutos que trabalhavam no diagnóstico para o controle de doenças epidêmicas. Nesse período a microbiologia despontava como principal aliada da saúde pública no combate a doenças transmissíveis, sendo a base de grande parte dos trabalhos desenvolvidos nesses centros. Dos institutos de pesquisas surgiam vacinas para proteger contra diversas epidemias, soros para curar os atingidos e exames diagnósticos para certificar os médicos das medidas a serem empregadas. O Butantan foi uma das instituições de pesquisas criadas no Estado de São Paulo em virtude dessa reforma.